Vid en epidemi är varje sekund viktig. Förutom att behandla patienter måste läkare och myndigheter bli detektiver och lokalisera boven i dramat innan den skördar ett nytt offer.
I "Okänd diagnos" för vi se hur vetenskapen bekämpar dödliga bakterier och plötsliga sjukdomsutbrott. Genom rekonstruktioner och intervjuer visas verkliga hälsokriser och man lyfter fram sjukdomsspårare som tävlar mot klockan för att skydda allmänheten.